我國是畜牧業大國，隨著畜禽養殖規模不斷擴大，畜禽糞便、污水等養殖廢棄物的產生量也迅速增加，畜禽養殖污染已成為我國農業污染首要來源。
  條例從規劃入手，要求縣級以上人民政府有關主管部門編制畜牧業發展規劃和畜禽養殖污染防治規劃，規定畜牧業發展規劃應當統籌考慮環境承載能力以及畜禽養殖污染防治要求，合理布局，科學確定畜禽養殖的品種、規模、總量；畜禽養殖污染防治規劃應當統籌考慮生產布局，明確污染防治目標、任務、重點區域、設施建設及防治措施。
  對污染嚴重的畜禽養殖密集區域，條例明確，市、縣人民政府應當制定綜合整治方案，采取組織建設畜禽養殖廢棄物綜合利用和無害化處理設施、有計劃搬遷或者關閉畜禽養殖場所等措施，對畜禽養殖污染進行治理。
  條例要求，畜禽養殖場、養殖小區應當根據養殖規模和污染防治需要，建設相應的畜禽糞便、雨污分流設施，畜禽糞便、污水貯存設施，有機肥加工、制取沼氣、沼渣沼液分離和輸送、污水處理、畜禽尸體處理等綜合利用和無害化處理設施。但已經委托他人進行綜合利用和無害化處理的，可以不自行建設。
  條例對畜禽養殖廢棄物排放作出了嚴格規定，要求向環境排放經過處理的畜禽養殖廢棄物，應當符合國家和地方規定的污染物排放標準和總量控制指標。畜禽養殖廢棄物未經處理，不得直接向環境排放。染疫畜禽以及染疫畜禽排泄物、病死或者死因不明的畜禽尸體等病害畜禽養殖廢棄物，應當按照規定進行深埋、化制、焚燒等無害化處理。
  條例鼓勵對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用，規定利用畜禽養殖廢棄物進行沼氣發電的，依法享受國家規定的上網電價優惠政策。利用畜禽養殖廢棄物制取沼氣、天然氣的，依法享受新能源優惠政策。
  條例對在飲用水水源保護區建設畜禽養殖場、養殖小區，排放畜禽養殖廢棄物不符合國家或者地方規定的污染物排放標準或者總量控制指標，或者未經無害化處理直接向環境排放畜禽養殖廢棄物等違法違規行為，明確了處罰措施。
  條例還規定了各級政府環境保護、農牧等有關部門未按規定履行職責的法律責任。